Στην τρομοκρατική επίθεση της 11ης Σεπτεμβρίου του 2001 αναφέρθηκε ο Μακαριώτατος με δηλώσεις του στον Ραδιοφωνικό Σταθμό της Εκκλησίας της Ελλάδος.
Με την ευκαιρία της συμπλήρωσης δέκα ετών από την τρομοκρατική επίθεση που κόστισε τη ζωή σε χιλιάδες ανθρώπους ο Αρχιεπίσκοπος σημείωσε:
"Όταν ο άνθρωπος δεν έχει τον Θεό μέσα του, δεν σέβεται τους ανθρώπους, τότε γίνεται πιο εύκολο πράγμα γι' αυτόν η τρομοκρατία. Πρόκειται για μία ειδεχθής πράξη
απο κάθε πλευρά.
Η καταστροφή των δίδυμων πύργων είναι ακριβώς αυτη η έκφραση της απομάκρυνσης απο το Θεό και του μη σεβασμού του ανθρώπου. Όλα εξαρτώνται απο τη σχέση του ανθρώπου με το Θεό.
Η μια πλευρά έχει κάνει το βήμα και το κάνει πάντοτε. Το θέμα είναι πως ανταποκρίνεται ο άνθρωπος. Αν ο άνθρωπος αγκαλιάσει τον Θεό τα πράγματα γίνονται απλούστερα".